玛丽与魔女之花磁星骑士描述的是在人类居住的五行洲之外，还有一个精灵的世界叫恒磁星。恒磁星的长老发现邪恶的红骑士妄图破坏两个世界，于是向五行洲派出了磁星精灵远征队，寻找能够拯救两个世界的磁星骑士。没想到，被选中的磁星骑士居然是散漫的阿峰、活在因事故死去的哥哥阴影中的向东、缺少父母陪伴的富家千金雅玲和从小失去双亲、性格孤僻懦弱的茉莉。这四个普通学生最初缺乏使命感，但在与邪恶分子的斗争中，逐渐克服了各自的缺点，齐心协力获得了胜利，成为了真正的磁星骑士。